保険薬局の遡及指定―事業承継・M&Aで確認すべき手続・人員・施設基準

MKマネジメント｜認定経営革新等支援機関（ID：109627000610）

調剤薬局の事業承継・M&Aでは、売買契約を締結し、店舗・医薬品在庫・従業員を引き継げば、その翌日から従来どおり調剤報酬を請求できるとは限りません。

特に事業譲渡、個人事業から法人への承継、別法人への開設者変更、所在地移転を伴う案件では、次の手続を別々に確認する必要があります。

• 薬機法上の薬局開設許可

• 健康保険法上の保険薬局指定

• 調剤報酬上の施設基準の届出

• 患者、調剤録、人員、請求・運営体制の引継ぎ

2026年6月5日、厚生労働省は保険医療機関等の遡及指定及び機能移転の取扱いについてを発出しました。原則として2026年9月1日から適用され、従来の複数通知を整理したうえで、遡及指定の類型、判断基準、施設基準の取扱いを示しています。

• 厚生労働省「保険医療機関等の遡及指定及び機能移転の取扱いについて」

• 厚生労働省「同通知の一部訂正について」2026年7月31日

この制度改正により、事業承継・M&Aの見通しは立てやすくなりました。

ただし、遡及指定は、申請すれば自動的に認められ、旧薬局の施設基準や実績もすべて自動承継される制度ではありません。

金融機関・M&A担当者が確認すべきなのは、通知だけを読んで行政上の可否を判定することではなく、取引スキーム、薬局開設許可、遡及指定の候補類型、人員・患者・調剤録、施設基準、管轄局との確認、クロージング日、融資実行日が整合しているかです。

結論｜遡及指定だけではM&A後の調剤報酬の連続性は確定しない

保険薬局の事業承継・M&Aでは、次の4つの連続性を分けて確認します。

確認の順序は次のとおりです。

M&Aの取引スキームを確認する
↓
薬局開設許可上の開設者が変わるかを確認する
↓
新しい薬局開設許可の要否と取得日を確認する
↓
保険薬局の遡及指定の候補類型を確認する
↓
管理薬剤師・全職員・薬剤師・患者・調剤録の引継ぎを確認する
↓
施設基準ごとの要件・届出・実績を確認する
↓
管轄厚生局・都道府県等との相談結果を確認する
↓
クロージング、旧薬局廃止、新薬局開設、融資実行を整合させる

遡及指定の最終的な可否は、地方社会保険医療協議会での審議等を経て判断されます。

したがって、本記事で示す類型は候補類型であり、行政上の承認結果を保証するものではありません。

1．事業承継・M&Aで確認したい4つの連続性

薬局開設許可の連続性

薬局を開設するには、薬機法上の薬局開設許可が必要です。

開設者が個人から法人へ変わる、別法人へ事業を譲渡する、薬局を移転するなどの場合には、新しい許可が必要になることがあります。

例えば京都市では、申請者である開設者の変更、個人と法人の間の変更、移転等について、変更届ではなく新規許可申請が必要な場合として案内しています。

• 京都市「薬局変更届」

• 京都市「薬局開設許可申請」

実際の許可権者・必要手続は所在地によって異なるため、管轄の都道府県・保健所等へ確認します。

保険薬局指定の連続性

薬局開設許可を取得しても、それだけで保険薬局として調剤報酬を請求できるわけではありません。

保険薬局指定申請では、薬局開設許可証の写し等が添付資料になります。

• 関東信越厚生局「保険医療機関・保険薬局の指定申請手続」

旧薬局の廃止日と新薬局の指定日がつながらなければ、保険調剤・調剤報酬請求の前提に空白が生じる可能性があります。

この例外的な取扱いが遡及指定です。

施設基準・実績の連続性

遡及指定が認められても、旧薬局が算定していた施設基準が自動的にすべて新薬局へ移るわけではありません。

新薬局で要件を満たし、施設基準ごとに必要な様式を、管轄局が定める期日までに提出する必要があります。

旧薬局での届出の有無と、届出に実績を要するかによって取扱いが異なります。

事業運営の連続性

患者への調剤、過去の調剤に関する問い合わせ、調剤録、人員、レセコン・請求等が実務上つながっていなければ、指定日だけをそろえても円滑な承継にはなりません。

遡及指定通知が重視しているのは、名称や契約だけではなく、旧薬局と新薬局の調剤体制・機能が一連のものとして認められるかです。

2．最初にM&Aスキームと開設者変更の有無を確認する

遡及指定の類型を考える前に、M&A後に薬局開設許可上の開設者が変わるかを確認します。

株式譲渡

株式会社等の株式譲渡では、株主は変わりますが、薬局の開設者である法人自体が同じ法人として存続する場合があります。

この場合、株式譲渡という理由だけで、開設者を別主体へ変更する遡及指定が必要になるとは限りません。

ただし、

• 法人名称

• 代表者・役員

• 管理薬剤師

• 所在地

• 営業日・開局時間

• 保険薬剤師

• その他許認可・届出事項

に変更があれば、各変更手続を確認します。

株式譲渡と同時に事業再編・合併・会社分割・移転等を行う場合は、単純な株主変更として扱わず、実際のスキームを確認します。

事業譲渡

事業譲渡では、売手法人・個人から買手法人へ、店舗、資産、契約等を個別に移します。

買手が新たな開設者となる場合には、一般に新しい薬局開設許可と保険薬局指定が論点になります。

同じ場所・同じ屋号で営業を続ける計画であっても、法的な開設者が変わる以上、旧許可・旧指定がそのまま買手へ移ると考えないことが重要です。

個人から法人への変更

個人開設の薬局を、新設法人・既存法人へ承継する場合も、開設者が別主体になります。

所在地が同じでも、

• 個人開設薬局の廃止

• 法人による新規薬局開設許可

• 法人による保険薬局指定

• 人員・患者・調剤録

• 施設基準

を確認します。

合併・会社分割・その他の組織再編

合併・会社分割等では、許認可上の地位の承継可否、届出・新規申請の要否が制度ごとに異なる場合があります。

取引名称だけで遡及指定の要否を決めず、薬局開設許可を所管する行政機関、地方厚生局、弁護士・行政書士等へ確認します。

3．薬局開設許可と保険薬局指定は別の手続

薬局M&Aでは、次の2つを混同しやすいため注意が必要です。

新しい開設者が薬局開設許可を取得していない段階では、保険薬局指定申請に必要な許可証もそろいません。

したがって、クロージング工程では、保険薬局指定だけでなく、薬局開設許可の申請、実地確認、許可日を先に確認します。

金融機関が確認したいこと

金融機関が許可申請書を詳細に審査する必要はありません。

少なくとも次を確認します。

• 許可上の旧開設者・新開設者

• 新規許可が必要か

• 管轄行政機関への事前相談状況

• 許可申請日・検査予定日・許可見込日

• 許可が遅れた場合の代替クロージング日

• 保険薬局指定申請との前後関係

4．通常の指定日と遡及指定

通常の指定

2026年6月5日通知では、新たに保険薬局指定を受ける場合、通常は指定申請を行った翌月1日が指定日になると整理されています。

関東信越厚生局は、申請者の希望がない限り毎月1日付けで指定し、地方社会保険医療協議会の開催後の翌月について、1日以外の指定希望がある場合には別日指定が可能な場合もあると案内しています。

これは遡及指定とは別の取扱いです。

遡及指定

通知の対象事例に該当し、旧薬局の廃止日の原則として同日または翌日付で新薬局指定を希望する場合に、類型ごとの手続・判断を行います。

遡及指定によって、旧薬局廃止と新薬局指定の間に生じ得る保険指定上の空白を避けられる可能性があります。

ただし、

• 類型の要件

• 指定申請

• 廃止届

• 地方社会保険医療協議会での審議

• 指定適格性

• 施設基準届出

が別途必要です。

5．2026年6月通知・7月訂正・9月施行の全体像

2026年6月5日

厚生労働省は、遡及指定と機能移転の判断枠組み、申請手続、施設基準の取扱いを一つの通知に整理しました。

通知の目的には、

• 経営上の予見可能性の確保

• 個別事例に応じた柔軟な取扱い

• 申請手続等の全国統一的な運用の推進

が示されています。

2026年7月31日

厚生労働省は通知の一部訂正を公表し、薬局用の別紙2-3等を訂正しました。

訂正後の薬局用様式では、旧薬局・新薬局について、

• 開設者

• 管理者

• 所在地・直線距離

• 患者・薬剤師・調剤録の引継ぎ

• 薬剤師人数

• 新薬局で届出予定の施設基準

を記載する構成になっています。

非常勤薬剤師の人数欄には常勤換算の記載欄があります。

ただし、通知本文に示された8割・5割等の判断要件と、訂正後様式の各記載欄をどのように照合するかは、記事上の推測で処理せず、管轄局へ確認します。

2026年9月1日

新通知は原則として2026年9月1日から適用されます。

従来の昭和32年・昭和33年通知、平成29年の施設基準関係事務連絡、令和5年の機能移転関係事務連絡は2026年8月31日限りで廃止されます。

8月31日以前の日を遡及指定日とする案件

2026年8月31日以前の日を遡及指定日等とする案件でも、申請者の意向を踏まえて、新通知の判断基準に基づく取扱いを行うことは差し支えないとされています。

したがって、

8月31日以前は必ず旧通知、9月1日以降は必ず新通知

という単純な二分ではありません。

対象日、申請者の意向、管轄局の取扱いを確認します。

6．遡及指定の対象となる主な事例

通知では、次のような事例について、旧薬局の廃止日の原則として同日または翌日付で新薬局指定を希望する場合を対象としています。

• 保険薬局の開設者を変更する場合

• 保険薬局の所在地を変更する場合

• 開設者を個人から法人、法人から個人へ変更する場合

これらに該当しても、自動的に遡及指定が認められるわけではありません。

申請手続は、次の3類型に分かれます。

7．3つの類型の全体像

類型2と類型3は、手続の軽重だけでなく、確認される人員・距離の位置付けも異なります。

8．類型1｜開設者死亡等の緊急時

類型1は、開設者が個人である薬局について、開設者の死亡・病気等により、血族その他勤務する保険薬剤師等が引き続き開設者となり、職員・調剤録等を引き継いで患者への調剤を継続する緊急の場合です。

確認したいこと

• 旧開設者が個人か

• 死亡・病気等の緊急事情

• 新たな開設者

• 職員・調剤録・患者の引継ぎ

• 薬局開設許可

• 保険薬局指定申請

• 旧薬局の廃止届

• 施設基準届出

死亡・病気等による承継でも、行政手続が不要になるわけではありません。

相続、雇用、資産、賃貸借等の法務・税務論点は別途確認します。

9．類型2｜至近移転または開設者のみの変更

類型2の入口は、次のいずれかです。

至近距離への移転

同一都道府県内における直線距離2km以内への移転で、開設者に変更がない場合です。

移転と開設者変更を同時に行う場合は、距離が2km以内でも類型2ではなく類型3の候補になります。

所在地移転を伴わない開設者のみの変更

薬局所在地を変えず、開設者だけを変更する場合です。

事業譲渡、個人から法人への承継等で想定されます。

予定届出書による3か月前手続は不要

通知上、類型2では、類型3のように別紙2-3の予定届出書を原則3か月前までに提出する手続は不要です。

ただし、これは事前確認も指定申請も不要という意味ではありません。

新薬局の指定申請、別紙1、旧薬局の廃止届、施設基準届出、指定適格性等の確認が必要です。

また、基本要件への該当性に疑義があれば問い合わせることとされています。

九州厚生局は、類型を問わず遡及指定を希望する場合に事前相談を求めています。

• 九州厚生局「保険医療機関等の遡及指定及び機能移転の取扱い」

したがって、全国通知上の手続と管轄局の相談運用を分けて確認します。

10．類型2の基本的には認める要件

類型2は、次の要件をすべて満たすことが基本です。

1対1の事例

一つの旧薬局の廃止と、一つの新薬局の開設を伴う事例であることが求められます。

複数店舗の統合・分割等は、類型2の単純な1対1事例には当たりません。

調剤録等を引き継ぐ

過去に調剤した患者について、調剤録等を新薬局へ引き継ぎます。

過去の患者からの問い合わせへ対応する

新薬局において、旧薬局を利用した患者の調剤に関する問い合わせへ対応できることが求められます。

現に調剤中の患者を引き継ぐ

旧薬局の患者への調剤が、新薬局で引き続き行われることが求められます。

患者には薬局を選ぶ自由があるため、患者を取引対象として譲渡するという意味ではありません。

患者が継続して利用できる体制と、必要な案内・記録・対応を整える趣旨として確認します。

管理薬剤師を引き継ぐ

原則として、新薬局の管理薬剤師が旧薬局の管理薬剤師と同一の薬剤師であることが求められます。

例外は限定的です。

職員・薬剤師を引き継ぐ

薬剤師全体、常勤薬剤師に関する割合要件に加え、所在地移転を伴わず開設者のみを変更する場合には、原則として旧開設者を除くすべての職員を継続雇用する要件があります。

11．管理薬剤師を変更する場合

類型2では、原則として新旧の管理薬剤師が同一であることが基本要件です。

開設者が個人で管理薬剤師を兼ねており、血族その他勤務する保険薬剤師との間で、開設者と管理薬剤師を同時に変更する場合には例外が示されています。

外部から新しい管理薬剤師を配置する場合

例えば、個人開設者兼管理薬剤師が退任し、買手企業が別店舗・外部から連れてきた薬剤師を管理薬剤師にする計画は、通知上の例外へ当然に該当するとは限りません。

この場合、

開設者のみ変更なので類型2で、管理薬剤師だけ後から確認する

という整理は危険です。

類型2の基本要件を満たさないため、類型3として予定届出・個別判断が必要になる可能性があります。

一定期間残留させれば必ず解決するわけではない

旧管理薬剤師に一定期間継続してもらう方法が適する案件はあります。

ただし、

• 本人の意思

• 雇用条件

• 実際に管理業務を行う体制

• 買手の組織・指揮命令

• 交代予定時期

• 労務・法務

を確認する必要があります。

名目的に管理薬剤師名を残すことを推奨するものではありません。

12．開設者のみ変更する場合の全職員継続

類型2の通知文言には、所在地移転を伴わず開設者のみ変更する場合について、原則として旧開設者を除くすべての職員が引き続き雇用されることと示されています。

ここで重要なのは、薬剤師だけではなくすべての職員とされている点です。

事務職員等を買手側の職員へ入れ替え、薬剤師だけを継続する計画では、薬剤師の8割・常勤5割を満たしても、類型2の基本要件を満たさない可能性があります。

金融機関・M&A担当者が確認したいこと

• 旧開設者を除く職員一覧

• 雇用継続予定者

• 雇用しない予定者

• 退職予定者

• 新規採用・買手からの配置

• 雇用承継が未確定の職員

• クロージング日と入退社日

雇用契約承継、個人情報、従業員面談等の詳細は、別記事で扱います。

13．薬剤師8割・常勤薬剤師5割の読み方

類型2では、薬局について次の要件が示されています。

• 旧薬局で調剤していた常勤・非常勤薬剤師のうち、概ね8割以上が、新薬局で常勤または非常勤として継続雇用される

• 旧薬局で調剤していた常勤薬剤師のうち、概ね5割以上が、新薬局で常勤薬剤師として継続雇用される

いずれも小数点以下切り捨てとされています。

2つの要件を別々に確認する

薬剤師全体の8割要件を満たしても、常勤薬剤師の5割要件を満たさない場合があります。

反対に、常勤薬剤師を維持しても、非常勤を含む薬剤師全体の引継ぎが不足する場合があります。

訂正後様式との関係

2026年7月31日訂正後の別紙2-3には、非常勤薬剤師の常勤換算を記載する欄があります。

一方、通知本文の類型2要件は、旧薬局で調剤に当たっていた薬剤師・常勤薬剤師の継続を文言上の基準としています。

様式の常勤換算値を、そのまま8割・5割の判定式へ置き換えるのではなく、次を管轄局へ確認します。

• 分母に含める薬剤師

• 予定退職者・休職者の取扱い

• 非常勤薬剤師の記載方法

• クロージング前後で雇用形態が変わる場合

• 端数処理

• 判定時点

個別の人数計算表は、公開記事ではなく案件ごとの確認資料として作成します。

14．類型3｜その他の場合

類型3は、類型1・2に該当しない事例です。

主な例は次のとおりです。

• 直線距離2kmを超える所在地移転

• 所在地移転と開設者変更の同時実施

• 類型2の管理薬剤師・職員等の基本要件を満たさない

• 複数薬局の統合・分割等を含む複雑な事例

原則3か月前の予定届出

新薬局の開設者は、原則として遡及指定を希望する日の3か月前までに、薬局用の別紙2-3による予定届出を行い、地方厚生局の要請に応じて事前相談を行います。

その後、通常の指定申請に必要な書類、施設基準届出、別紙2-3の届出書、旧薬局の廃止届等を提出します。

3か月は準備開始日ではない

原則3か月前は予定届出の目安です。

その前に、

• 取引スキーム

• 新旧開設者

• 移転場所

• 人員

• 調剤録・患者

• 施設基準

• 薬局開設許可

を整理する必要があります。

類型3となる可能性がある案件は、基本合意・融資審査の初期から行政手続の工程を確認します。

15．類型3の判断基準

類型3では、新旧薬局の調剤体制・機能が一連のものと認められるか、第三者の権利関係に与える影響の観点から妥当か等を、個別の状況から総合的に判断します。

通知に示された薬局関係の主な基準は次のとおりです。

過去に調剤した患者

• 調剤録等を引き継ぐ

• 旧薬局を利用した患者からの問い合わせへ対応する

現に調剤中の患者

旧薬局の患者への調剤が、新薬局で引き続き行われることを確認します。

薬剤師の引継ぎ

旧薬局で調剤していた常勤・非常勤薬剤師のうち、概ね5割以上が新薬局で継続雇用されることが判断基準です。

管理薬剤師を変更する場合

管理薬剤師以外の薬剤師・その他職員の引継ぎ状況等を踏まえ、調剤の実態に変更がないかという観点から、特に慎重に判断するとされています。

移転距離

薬局の場合、次のいずれかが判断基準です。

• 同一市区町村内

• 同一都道府県内の直線距離6km以内

基準を一つ満たせばよいわけではない

6km以内、薬剤師5割以上のいずれか一つだけで承認されるわけではありません。

通知では、判断基準を満たさない事項がある場合は原則として認められないとしつつ、例外的事例は個別具体的な状況から総合判断するとしています。

16．2kmと6kmは何が違うのか

2kmと6kmは、同じ距離基準ではありません。

2km以内でも類型3になる例

所在地移転と開設者変更を同時に行う場合、距離が2km以内でも類型2の移転要件には入りません。

2km超でも直ちに不承認ではない

2kmを超える移転は類型3ですが、同一市区町村内、または同一都道府県内の直線距離6km以内という判断基準があります。

6km以内でも自動承認ではない

患者、調剤録、薬剤師、管理薬剤師、第三者の権利関係等を含めて判断されます。

17．患者・調剤録をどう引き継ぐか

遡及指定では、単に調剤録を保管場所ごと移すだけではなく、過去・現在の患者へ継続して対応できることが重視されます。

確認したいこと

• 調剤録等の保管主体

• 新薬局が閲覧・対応できる状態

• 過去の患者からの問い合わせ窓口

• 現に調剤中の患者への案内

• 在宅患者・施設等への対応

• レセコン・電子薬歴等のデータ移行

• 個人情報の利用目的・安全管理

• 取引不成立時のデータ取扱い

詳細な個人情報・システム移行手順は、M&A契約、個人情報保護法、ベンダー契約等を踏まえて設計します。

患者が新薬局を利用し続けることを保証したり、患者を財産として譲渡したりするものではありません。

18．施設基準の取扱いは3つに分かれる

遡及指定が認められた場合でも、施設基準は新薬局で改めて届出を行うことが前提です。

取扱いは3つに分かれます。

1．旧薬局で届出が受理されていた施設基準

旧薬局ですでに届出が受理されており、新薬局でも当該要件を満たしているものとして、管轄局が定める期日までに届出が行われた場合、遡及指定日から算定できる取扱いがあります。

重要なのは、

• 旧薬局で届出受理済み

• 新薬局でも要件を満たす

• 期日までに届出

• 審査・確認

という条件です。

2．新薬局で新たに届け出る、実績を要しない施設基準

旧薬局では届出がなく、新薬局で新たに届け出る施設基準のうち、届出に実績を要しないものです。

新薬局が要件を満たし、期日までに届出を行い、要件審査を終えた場合に限り、遡及指定日の属する月から算定できる取扱いがあります。

3．新薬局で新たに届け出る、実績を要する施設基準

旧薬局では届出がなく、新薬局で新たに届け出る施設基準のうち、実績を要するものです。

旧薬局が当該実績を有する場合、その実績を新薬局の届出上の実績として取り扱える場合があります。

新薬局で施設基準の要件を満たし、期日までに届出を行い、審査を終えることが必要です。

旧薬局に実績がない場合

旧薬局に当該実績がなければ、存在しない実績を引き継ぐことはできません。

新薬局で必要な実績を積み、通常の取扱いに従って届出・算定します。

四国厚生支局は、旧薬局に実績がない場合、新薬局で実績を積み、届出を行った月の翌月から算定する取扱いを案内しています。

• 四国厚生支局「指定期日の遡及の取扱い」

19．施設基準は自動承継ではなく項目別確認

M&Aの収益計画では、旧薬局の施設基準一覧をそのまま新薬局の売上計画へ貼り付けないことが重要です。

施設基準ごとに次を確認します。

地域支援・医薬品供給対応体制加算、在宅薬学総合体制加算等、収益へ影響する届出は、名称だけで引継ぎ可否を判断せず、2026年度の最新施設基準と対象薬局の実績を確認します。

20．管轄厚生局によって期限・相談方法が異なる

2026年通知は全国共通の判断枠組みを示しました。

一方、手続期限・必要書類の詳細は、地方厚生局ごとに適切に定めるとされています。

関東信越厚生局

類型2では、通常の指定申請に加えて別紙1を提出し、類型3では原則3か月前の予定届出・要請に応じた事前相談を案内しています。

• 関東信越厚生局「遡及指定及び機能移転の取扱い」

近畿厚生局

類型別の必要書類と、提出期限の例として毎月10日まで等を案内しています。

• 近畿厚生局「遡及指定及び機能移転の取扱い」

九州厚生局

遡及指定・機能移転を希望する場合は、必ず指導監査課または各県事務所へ事前相談するよう案内しています。

したがって、

類型2なので管轄局へ相談しなくてよい

と全国一律に判断しません。

21．クロージング日から逆算する

M&A契約のクロージング日は、売手・買手の都合だけで決められません。

少なくとも次を同じ工程表へ置きます。

許可・指定

• 薬局開設許可の事前相談

• 許可申請

• 実地確認

• 許可日

• 保険薬局指定申請

• 遡及指定の予定届出・相談

• 地方社会保険医療協議会の日程

• 旧薬局廃止・新薬局指定

人員・患者・記録

• 管理薬剤師

• 全職員

• 薬剤師割合

• 雇用開始・終了日

• 調剤録・電子データ

• 患者・施設・関係先への案内

施設基準

• 旧薬局の届出一覧

• 実績要件

• 新薬局の体制

• 提出期限

• 算定開始見込み

M&A・金融

• 最終契約

• クロージング条件

• 融資承認

• 融資実行

• 取得対価支払

• 在庫・運転資金

• 手続遅延時の代替日程

申請前提が変わった場合

予定届出後に、

• 管理薬剤師が退職

• 継続雇用者が減少

• 移転場所が変更

• 施設基準の届出を取りやめ

• クロージング日が変更

となった場合は、当初前提のまま進めず、管轄局・関係者へ更新確認します。

22．金融機関・M&A担当者の役割

金融機関が通知を読み込み、遡及指定の最終的な可否を行政に代わって判断する必要はありません。

確認すべきなのは、返済計画の重要前提が裏付けられているかです。

確認する証拠

• 管轄局・許可権者への相談記録

• 想定類型とその根拠

• 未充足要件

• 申請・届出予定

• 人員引継ぎ表

• 施設基準一覧

• 行政手続工程表

• 手続遅延時の資金繰り

融資実行との整合

行政上の重要手続が未了である場合には、

• 実行時期

• 融資条件

• 自己資金投入

• 代替クロージング日

• 取引不成立時の費用負担

を案件関係者が検討します。

具体的な融資条件・契約条項は、金融機関・弁護士等の判断事項です。

23．指定・算定が遅れた場合の財務影響

手続の遅れによる影響を、月商全額と同一視しません。

次の4つに分けます。

保険調剤収益・入金

保険薬局指定・請求の前提が整わない期間について、予定していた保険調剤収益をどのように扱うか、管轄局・審査支払機関等へ確認する必要があります。

請求・入金の遅れが生じれば、運転資金へ影響します。

粗利益・店舗利益

調剤を行えなければ、薬剤仕入等の変動費も同じ形では発生しない場合があります。

したがって、売上高をそのまま損失額とせず、

• 技術料

• 薬剤料

• 薬剤仕入

• その他変動費

• 固定費

へ分解します。

患者・処方元・施設等

一時的に他薬局を利用した患者・施設等が戻らない可能性があります。

流出率を固定値で置かず、患者構成、在宅・施設、地域の代替薬局等から確認します。

固定支出・返済

• 人件費

• 賃料

• システム・リース

• 借入元利金

• M&A関連費用

は、売上が計画どおり立たなくても支払が続く場合があります。

下振れ資金繰りでは、売上未達額だけでなく、固定支出と入金時期を確認します。

24．ケース1｜同一法人の株式譲渡

前提

• 開設者はP株式会社

• P株式会社の全株式をQ株式会社が取得

• 薬局所在地・開設法人・管理薬剤師は変更なし

• 施設基準・人員体制も当面維持

確認

開設者であるP株式会社自体が存続するため、株主変更だけを理由に、開設者変更型の遡及指定が必要とは限りません。

一方、

• 代表者・役員の変更

• 保険薬局指定上の届出

• 薬局開設許可上の変更届

• 社会保険・労働保険

• 管理薬剤師・勤務体制

• M&A後の組織再編

を確認します。

金融機関への示唆

M&Aという名称だけで遡及指定前提のスケジュールを組まず、許可・指定上の法人が変わるかを確認します。

25．ケース2｜同一場所での事業譲渡・人員継続

前提

• 個人開設薬局をQ株式会社へ事業譲渡

• 所在地は同じ

• 旧管理薬剤師が新薬局でも管理薬剤師を継続

• 旧開設者以外の全職員を継続雇用

• 薬剤師割合、患者、調剤録を引き継ぐ

類型候補

所在地移転を伴わない開設者のみの変更であり、類型2の候補です。

確認

• Q株式会社の薬局開設許可

• 類型2のすべての基本要件

• 別紙1

• 旧薬局廃止届

• 新薬局指定申請

• 施設基準届出

• 管轄局の相談・期限

注意

類型2候補であっても、自動承認ではありません。

26．ケース3｜管理薬剤師・一部職員を変更する事業譲渡

前提

• 個人開設薬局をQ株式会社へ事業譲渡

• 所在地は同じ

• 旧開設者兼管理薬剤師は退任

• Q株式会社が別店舗から新管理薬剤師を配置

• 事務職員の一部を入れ替える

類型候補

所在地移転を伴わない開設者変更ですが、類型2の基本要件である管理薬剤師同一・全職員継続を満たさない可能性があります。

このため、類型2を前提に進めず、類型3として予定届出・個別判断が必要になる可能性を確認します。

金融機関への示唆

単に同一場所だから手続が容易とは限りません。

買手のPMI方針が、遡及指定の候補類型と返済計画へ影響します。

27．ケース4｜移転を伴う事業承継

同一開設者・2km以内

開設者を変えず、同一都道府県内の直線距離2km以内へ移転する場合は、類型2の候補です。

他の基本要件をすべて確認します。

移転と開設者変更を同時実施

距離が2km以内でも類型3の候補です。

原則3か月前の予定届出を含む工程を確認します。

2km超・6km以内

類型3です。

同一市区町村内または同一都道府県内6km以内は判断基準の一つですが、患者・調剤録・人員等を含む総合判断です。

28．ケース5｜複数店舗の統合・分割を伴う再編

前提

• 売手が2店舗を運営

• 買手は2店舗を廃止し、新たな1店舗へ統合する計画

• 患者、調剤録、薬剤師、施設基準の一部を新店舗へ集約

• 開設者と所在地の双方が変わる

類型の考え方

類型2の基本要件は、一つの旧薬局の廃止と一つの新薬局の開設を伴う1対1の事例です。

複数の旧薬局を一つの新薬局へ統合する計画は、類型2の単純な事例には当たりません。

類型3または別の行政手続として、早期に管轄局へ相談する必要があります。

確認したいこと

• どの旧薬局の指定・患者・調剤録を基礎とするか

• 各旧薬局の廃止日

• 新店舗の開設許可・指定

• 薬剤師・管理薬剤師の引継ぎ

• 複数店舗の施設基準・実績をどのように扱うか

• 患者・施設・医療機関への案内

• 統合前後の在庫・固定費・人員

• 統合が遅れた場合の資金繰り

複数店舗の実績・人員を自由に合算できるとは限りません。

行政上の取扱いを確認する前に、買収価格・融資額・統合後収益を確定しないことが重要です。

29．予定届出・申請後に前提が変わった場合

遡及指定の予定届出・申請は、提出時点の事業計画、人員、場所、施設基準等を前提とします。

M&Aでは、提出後からクロージングまでに前提が変わることがあります。

重要な変更例

• 管理薬剤師が退職・休職する

• 継続雇用予定の薬剤師・事務職員が減る

• 雇用形態を常勤から非常勤へ変える

• 開設者・取引スキームを変更する

• 移転場所・直線距離が変わる

• 旧薬局の廃止日・新薬局の開設日が変わる

• 施設基準の届出項目を変更する

• クロージング日を延期・前倒しする

• 複数店舗の統合・分割を追加する

変更を内部処理だけで終わらせない

申請時の要件を満たしていたとしても、クロージング時点で人員・場所等が変われば、類型や判断の前提が変わる可能性があります。

変更が生じた場合は、

1. 変更内容と発生日を記録する

2. 類型・要件・施設基準への影響を整理する

3. 管轄局・許可権者へ共有する

4. 申請・予定届出・日程の修正要否を確認する

5. M&A契約・融資・資金繰りを更新する

という順序で対応します。

基準日を明示する

人員一覧、施設基準一覧、行政相談結果等には基準日を記載します。

融資審査時の資料が古い場合には、

• 重要人員の在籍

• 許可・指定の進捗

• 予定日

• 施設基準

• 未確定事項

が融資実行時点でも有効かを再確認します。

30．M&Aの段階ごとに確認する事項

遡及指定の検討は、最終契約後に始めるものではありません。

案件の初期から、開示できる範囲に応じて段階的に確認します。

初期検討・基本合意前

• 取引スキームの候補

• 薬局開設者

• 所在地・移転予定

• 管理薬剤師

• 職種別人数

• 旧薬局の指定・施設基準

• 希望クロージング時期

• 管轄行政機関

この段階では個人情報を必要以上に開示せず、匿名・集計情報から重大な論点を把握します。

基本合意後・DD

• 薬局開設許可証

• 保険薬局指定情報

• 管理薬剤師・薬剤師・職員一覧

• 雇用承継の方針

• 調剤録・データ

• 患者・在宅・施設等

• 施設基準届出・実績

• 賃貸借・システム・在庫

• 管轄局への相談方針

この時点で類型2の基本要件を満たさない可能性があれば、類型3の時間軸へ切り替えます。

最終契約前

• 行政相談結果

• 新規許可・指定申請の準備

• 人員の継続見込み

• 施設基準の項目別整理

• クロージング条件

• 融資実行条件

• 手続遅延時の対応

• 取引中止・延期時の費用

具体的な契約条項は弁護士等が設計します。

クロージング前

• 許可・指定・届出の最新進捗

• 管理薬剤師・職員の変更

• 旧薬局廃止・新薬局開設の日付

• 在庫・データ・患者対応

• 融資実行と取得対価支払

• 初月の資金繰り

を最終確認します。

クロージング後

• 指定・施設基準の結果

• 請求・入金

• 患者・処方箋

• 人員・退職・採用

• 施設基準の算定開始

• 店舗PL・現預金

• M&A借入返済

を計画と比較します。

31．最終契約・融資で検討される論点

行政手続の不確実性は、M&A契約と融資スケジュールへ反映する必要があります。

公開記事では具体的な条項を提示しませんが、検討領域は次のとおりです。

クロージングの前提

• 薬局開設許可の取得

• 保険薬局指定・遡及指定に関する確認

• 重要な施設基準の届出準備

• 管理薬剤師・必要人員

• 調剤録・データ移行

• 重要な契約・賃貸借

行政上の正式決定時期によって、何をクロージング前に確認できるかは異なります。

日程変更

許可・指定・人員等の前提が整わない場合に、

• クロージングを延期する

• 取引スキームを見直す

• 一部資産・店舗を対象外にする

• 追加条件を整えて再申請する

などを検討する場合があります。

融資実行

金融機関は、

• 取得対価

• 運転資金

• 手続遅延時の追加資金

• 実行時点の未確定事項

• 融資後モニタリング

を確認します。

行政上の可否を金融機関が保証するのではなく、未確定事項が返済計画へ与える影響を把握します。

32．金融機関向けの証拠台帳

金融機関が制度要件を自ら判定する代わりに、重要前提を証拠と結び付けて確認する方法があります。

事実・予定・未確認を分ける

台帳では、次を分けます。

• 確認済みの事実

• 行政機関・専門家の見解

• 申請予定

• 未確認事項

• 下振れ時の対応

予定を確定事実として扱わないことが重要です。

相談記録

行政相談では、

• 相談日

• 相談先

• 提示した前提

• 回答内容

• 追加資料

• 回答時点

を記録します。

前提を示さずに得た一般回答を、個別案件の承認として扱いません。

33．財務影響は4つのシナリオで確認する

遡及指定・施設基準の不確実性を、売上の一律控除だけで処理しません。

シナリオ1｜予定どおり指定・算定

• 指定日

• 施設基準算定開始

• 請求・入金

• 患者・処方箋

• 人員・費用

が計画どおり進むケースです。

シナリオ2｜指定・クロージングが延期

旧薬局を予定日まで継続できるのか、賃貸借・人員・売手の事情から延期できないのかを確認します。

延期により、

• M&A関連費用

• 人件費

• 賃料

• 金利・コミットメント

• 在庫

• 売手・買手の運転資金

が変わります。

シナリオ3｜指定は連続するが施設基準が遅れる

保険薬局指定はつながっても、一部施設基準の要件・届出・審査が間に合わないケースです。

影響は施設基準ごとの算定回数・点数・適用時期から確認します。

シナリオ4｜人員変更で類型・運営体制が変わる

管理薬剤師・薬剤師・事務職員の引継ぎが計画を下回るケースです。

• 類型変更

• 再相談

• クロージング延期

• 派遣・採用・応援

• 営業時間・在宅

• 施設基準

• 売上・費用

へ反映します。

売上・粗利益・資金繰りを分ける

財務影響は、

保険調剤収益の変化
－ 連動して変わる薬剤仕入等
＝ 粗利益への影響

を確認し、そこへ固定費・一時費用・入金時期を重ねます。

詳細な店舗別計算モデルは、対象企業のデータを使う個別支援領域です。

34．案件関係者の役割分担を決める

遡及指定の案件では、誰か一人がすべての制度・契約・人員・財務を判断するのではなく、担当領域を分けて情報を集約します。

実際の業務範囲は、各専門家の資格・委任契約・案件体制によって異なります。

全体責任者を明確にする

複数の専門家が関与しても、

• 許可上の開設者

• 遡及指定の候補類型

• 管理薬剤師・人員

• 施設基準

• 日程

• 資金繰り

を一つの工程表へ統合する責任者が不明だと、重要事項が抜ける可能性があります。

買手・売手・FA等のうち、誰が全体工程を更新し、誰が金融機関・専門家・行政窓口へ共有するかを決めます。

回答の前提をそろえる

行政機関・専門家へ相談するときは、同じ案件でも提示した前提が異なれば回答が変わる可能性があります。

少なくとも、

• 取引スキーム

• 開設者

• 所在地

• 希望日

• 管理薬剤師

• 職員・薬剤師

• 調剤録・患者

• 施設基準

を共通資料にして相談します。

35．金融機関・M&A担当者が確認したい10の質問

1．M&A後に薬局開設許可上の開設者は変わりますか

株式譲渡、事業譲渡、個人から法人化等を区別します。

2．新しい薬局開設許可が必要ですか

許可権者への事前相談・申請・検査・許可日を確認します。

3．遡及指定の候補類型は何ですか

類型1・2・3のどれを想定し、誰が確認したかを見ます。

4．類型2のすべての基本要件を満たしますか

1対1、患者、調剤録、管理薬剤師、全職員、薬剤師割合を確認します。

5．管理薬剤師は継続しますか

交代する場合は、類型と調剤実態への影響を確認します。

6．開設者以外の全職員は継続しますか

所在地移転を伴わない開設者変更では、事務職員等も含めて確認します。

7．調剤録・患者対応を引き継げますか

データ移行、問い合わせ、在宅・施設等を確認します。

8．施設基準ごとの届出・実績は確認されていますか

自動承継ではなく、施設基準別に確認します。

9．管轄局へいつ、何を確認しましたか

相談日、担当窓口、確認内容、未確定事項を記録します。

10．手続が遅れた場合の資金繰りと代替日程がありますか

売上・粗利益・固定費・借入返済を下振れ計画へ反映します。

36．確認したい資料

取引・法人

• 取引スキーム図

• 株式譲渡・事業譲渡等の概要

• 新旧開設者

• 法人登記事項

• クロージング工程表

薬局開設許可

• 旧薬局の許可証

• 新規許可の要否に関する確認

• 事前相談記録

• 申請・検査・許可予定

保険薬局指定

• 旧薬局の指定情報

• 新薬局指定申請

• 類型確認資料

• 別紙1または別紙2-3

• 廃止届

• 管轄局との相談記録

人員・運営

• 新旧管理薬剤師

• 職員一覧

• 薬剤師一覧・雇用形態

• 雇用承継予定

• 調剤録・データ移行

• 患者・施設等への対応計画

施設基準

• 旧薬局の届出受理一覧

• 新薬局で届け出る項目

• 実績要件

• 旧薬局の実績

• 新薬局の人員・設備

• 提出期限・算定開始見込み

財務

• 月次店舗PL

• 売上・技術料・薬剤料

• 薬剤仕入

• 固定費

• 運転資金

• 借入返済

• 手続遅延時の資金繰り

37．専門的な確認を検討したいケース

• M&Aスキームと開設者変更の有無が不明

• 個人から法人・別法人への承継

• 管理薬剤師を変更する

• 一部職員を雇用しない

• 薬剤師割合の算定に疑義

• 予定届出後に人員・場所・日程が変わった

• 移転と開設者変更を同時に行う

• 2km超の移転

• 複数店舗の統合・分割

• 調剤録・電子データの移行が複雑

• 旧薬局の施設基準・実績が不明

• 施設基準による収益が返済計画の中核

• 管轄局との相談が未実施

• クロージング・融資実行が行政手続より先行

• 手続遅延時の資金繰りがない

38．MKマネジメントの支援範囲

MKマネジメントでは、金融機関・M&A関係者・買手・売手からご相談いただいた調剤薬局案件について、行政上の最終判断を代替するのではなく、確認すべき論点を整理します。

主な支援範囲は次のとおりです。

• 取引スキームと手続論点の整理

• 薬局開設許可と保険薬局指定の切分け

• 遡及指定の候補類型と未確認事項の整理

• 管理薬剤師・職員・薬剤師の引継ぎ状況の整理

• 患者・調剤録・運営体制の確認

• 施設基準の届出・実績論点の整理

• 管轄機関・弁護士・行政書士・税理士等への確認事項整理

• M&A・融資スケジュールとの整合確認

• 手続遅延時の店舗収支・資金繰りへの反映

• 金融機関向け説明材料の整理

遡及指定、薬局開設許可、施設基準の可否は、管轄行政機関等が個別に判断します。

MKマネジメントが指定・許可・算定・融資結果を保証するものではありません。

FAQ｜保険薬局の遡及指定でよくある質問

Q1．株式譲渡でも遡及指定は必要ですか

開設者法人自体が同じまま存続する株式譲渡では、株主変更だけで開設者変更型の遡及指定が必要になるとは限りません。

代表者・役員・管理薬剤師等の変更届や、同時に行う組織再編を確認します。

Q2．事業譲渡では遡及指定が必要ですか

買手が新しい開設者となる場合、薬局開設許可と保険薬局指定を改めて確認します。

遡及指定の対象・類型は人員・場所等によって異なります。

Q3．個人薬局を法人化する場合はどうなりますか

個人と法人は別の開設主体です。

新しい薬局開設許可、保険薬局指定、類型、人員・施設基準を確認します。

Q4．薬局開設許可があれば調剤報酬を請求できますか

薬局開設許可と保険薬局指定は別です。

保険調剤・調剤報酬請求には保険薬局指定等の前提が必要です。

Q5．通常の指定日は必ず翌月1日ですか

原則は翌月1日です。

管轄局によって、地医協開催後の翌月中の別日指定が可能な場合があります。遡及指定とは別に確認します。

Q6．遡及指定日はいつになりますか

旧薬局の廃止日の原則として同日または翌日付で新薬局指定を希望する取扱いです。

最終的な日付は申請・審議等によります。

Q7．2026年8月31日以前の案件は旧ルールだけですか

旧通知が基本ですが、申請者の意向を踏まえて新通知の判断基準を使うことができる場合があります。

管轄局へ確認します。

Q8．2026年7月31日の訂正で何が変わりましたか

薬局用別紙2-3等の様式が訂正され、薬剤師人数、患者・調剤録、施設基準等を記載する修正版が示されました。

最新様式を管轄局のページから取得します。

Q9．類型2なら事前相談は不要ですか

通知上、予定届出書による3か月前の事前相談手続は不要です。

ただし疑義があれば問い合わせが必要で、九州厚生局のように全件事前相談を求める地域運用もあります。

Q10．類型2なら遡及指定は必ず認められますか

必ずではありません。

基本要件をすべて満たし、指定申請・廃止届・施設基準届出等を行い、審議・確認を受けます。

Q11．同じ場所で事業譲渡する場合は類型2ですか

所在地移転を伴わない開設者のみの変更として類型2候補になります。

管理薬剤師、全職員、薬剤師割合等の要件をすべて確認します。

Q12．管理薬剤師を交代すると遡及指定できませんか

類型2では原則同一管理薬剤師が要件です。

限定的な例外があります。要件を満たさない場合、類型3として個別判断になる可能性があります。

Q13．旧開設者が管理薬剤師を兼ねている場合の例外は広く使えますか

通知は、血族その他勤務する保険薬剤師との間で開設者・管理薬剤師を同時変更する場合を例外としています。

買手が外部から配置する薬剤師へ当然に適用できるとは限りません。

Q14．事務職員も継続雇用が必要ですか

所在地移転を伴わず開設者のみ変更する類型2では、通知上、原則として旧開設者を除くすべての職員を継続雇用するとされています。

事務職員等も含めて確認します。

Q15．薬剤師8割を満たせば全職員要件を見なくてよいですか

別の要件です。

薬剤師8割・常勤5割に加え、開設者のみ変更の場合は全職員継続を確認します。

Q16．非常勤薬剤師はどう数えますか

通知本文と訂正後様式を確認し、分母・雇用形態・常勤換算欄の扱いを管轄局へ確認します。

記事上の独自計算で確定しません。

Q17．薬剤師の雇用形態を変えてもよいですか

薬剤師全体要件と常勤薬剤師要件の双方へ影響します。

変更後の常勤・非常勤区分を含めて確認します。

Q18．一人退職したら要件を満たさなくなる場合はどうしますか

予定届出・申請時の前提が変わるため、速やかに管轄局・案件関係者へ共有し、類型・日程・資金繰りを更新します。

Q19．2km以内なら類型2ですか

開設者を変えない移転で、他の基本要件をすべて満たす場合の候補です。

移転と開設者変更を同時に行う場合は類型3候補です。

Q20．2kmを超えると遡及指定できませんか

類型3として確認します。

同一市区町村内、または同一都道府県内6km以内という判断基準があります。

Q21．6km以内なら必ず認められますか

必ずではありません。

距離は判断基準の一つであり、患者、調剤録、人員、管理薬剤師等を含む総合判断です。

Q22．類型3は必ず3か月前に届出しますか

原則として希望日の3か月前までです。

管轄局の期限・運用を確認します。

Q23．3か月前を過ぎたら申請できませんか

通知は原則3か月前としています。

遅れた場合の取扱いを記事で断定せず、直ちに管轄局へ相談します。

Q24．施設基準は自動的に引き継がれますか

自動承継ではありません。

新薬局で要件を満たし、施設基準ごとに期限までの届出等が必要です。

Q25．旧薬局で届出済みなら同じ日から算定できますか

新薬局も要件を満たし、管轄局の期限までに届出を行った場合に、遡及指定日から算定できる取扱いがあります。

Q26．旧薬局で未届出の施設基準も引き継げますか

新薬局で新たに届け出ます。

実績不要か実績必要かによって取扱いが異なります。

Q27．旧薬局の実績はすべて使えますか

対象となる施設基準について旧薬局が実績を有し、新薬局が要件を満たし、届出・審査を経る必要があります。

存在しない実績は使えません。

Q28．旧薬局に実績がない場合はどうなりますか

新薬局で必要な実績を積み、通常の取扱いで届出・算定します。

Q29．遡及指定が認められれば収益は完全に同じですか

施設基準、人員、患者、請求・入金、仕入等によって異なります。

指定の連続性と収益の再現性は別に確認します。

Q30．空白期間の損失は月商で計算できますか

月商全額を利益損失とは扱えません。

技術料、薬剤料、仕入、固定費、患者流出、入金時期へ分解します。

Q31．金融機関が遡及指定の可否を判断すべきですか

行政上の最終判断を行う必要はありません。

管轄局との相談、類型、未充足要件、期限、下振れ資金繰りを確認します。

Q32．MKマネジメントへ相談すれば指定は確実ですか

指定結果を保証するものではありません。

取引・制度・人員・施設基準・財務の論点を整理し、管轄機関・専門家への確認につなげます。

Q33．有期雇用・パート職員も全職員継続の対象ですか

通知文言は原則として旧開設者を除くすべての職員としています。

契約期間、退職予定、休職等を含む個別の取扱いは管轄局へ確認します。

Q34．M&A前から退職が決まっていた職員はどう扱いますか

退職決定の時期・理由・最終在籍日等を整理し、人員要件・調剤実態への影響を管轄局へ確認します。

Q35．予定届出後に管理薬剤師が変わった場合はどうしますか

予定届出の重要前提が変わります。

速やかに管轄局へ共有し、類型・日程・提出資料を再確認します。

Q36．複数店舗を一店舗へ統合しても類型2にできますか

類型2は1対1の事例が基本です。

複数店舗の統合は類型3等として早期に個別相談します。

Q37．旧薬局の施設基準実績を複数の新薬局へ分けられますか

通知から一律に可能とは判断できません。

事例構造、実績、施設基準、第三者への影響等を管轄局へ確認します。

Q38．遡及指定の正式決定前にクロージングできますか

法的に可能かだけでなく、指定・許可が予定どおり得られない場合の事業・資金繰り・契約上の扱いを確認する必要があります。

具体的な契約設計は弁護士等へ確認します。

Q39．金融機関は指定決定まで融資実行を待つべきですか

一律には決められません。

行政手続の進捗、取引条件、自己資金、下振れCF、金融機関方針を総合します。

Q40．施設基準の算定開始は遡及指定日と同じですか

旧薬局で届出受理済みのものと、新規届出のものでは取扱いが異なります。

遡及指定日からか、属する月からか、通常取扱いかを項目別に確認します。

Q41．薬局名が同じなら旧指定を使えますか

名称の同一性だけでは決まりません。

開設者、所在地、許可・指定等を確認します。

Q42．保険薬局コードやオンライン資格確認はどうなりますか

新規指定・遡及指定に伴うコード、オンライン資格確認、請求システム等の実務を関係機関・ベンダーへ確認します。

本記事では詳細手順を扱いません。

Q43．麻薬小売業者免許等も引き継がれますか

保険薬局指定とは別の許認可です。

対象業務に必要な許認可・届出を一覧化し、各所管へ確認します。

Q44．いつMKマネジメントへ相談すべきですか

取引スキーム・管理薬剤師・人員・移転・施設基準のいずれかが未確定で、クロージングや融資審査へ影響する段階です。

類型3の可能性がある場合は、希望日の3か月前よりさらに前から論点整理を始めることが有効です。

Q45．誰が行政機関へ相談するべきですか

案件体制によります。

買手・売手・行政手続担当者等の窓口を一本化し、相談前提と回答内容を関係者で共有します。

Q46．M&A仲介会社だけで手続を管理できますか

工程管理を担うことはできますが、許認可・法務・労務・税務等の最終判断は各所管・専門家へ確認します。

Q47．行政相談の口頭回答だけで融資審査を進めてよいですか

口頭回答の内容、日付、提示前提、未確定事項を記録し、必要に応じて提出書類・正式手続の進捗と照合します。

まとめ｜指定・人員・施設基準をクロージング前にそろえる

2026年6月5日通知により、保険薬局の遡及指定は3類型と判断基準に整理されました。

2026年7月31日には薬局用別紙2-3等が訂正され、原則として2026年9月1日から新しい取扱いが始まります。

ただし、遡及指定はM&A後の調剤報酬を自動的に連続させる制度ではありません。

確認したいのは、

M&Aの取引スキーム
↓
薬局開設者が変わるか
↓
薬局開設許可
↓
保険薬局指定・遡及指定の類型
↓
管理薬剤師・全職員・薬剤師・患者・調剤録
↓
施設基準ごとの届出・実績
↓
管轄局の相談・期限
↓
クロージング・融資実行・下振れ資金繰り

という一連のつながりです。

類型2は予定届出書による3か月前手続が不要ですが、自動承認ではありません。

所在地移転を伴わない開設者変更では、管理薬剤師の同一性、薬剤師8割・常勤5割だけでなく、原則として旧開設者以外の全職員継続を確認します。

類型3では、薬剤師5割、管理薬剤師変更、患者・調剤録、同一市区町村または6km以内等を含めて総合判断されます。

施設基準も自動承継ではなく、新薬局での要件充足、届出、実績、期限、審査を項目別に確認します。

金融機関・M&A担当者に必要なのは、行政判断を代替することではありません。

指定・許可・人員・算定の重要前提が確認され、手続が遅れた場合にも資金繰りと代替日程を持つ案件になっているかを確認することです。

金融機関・M&A関係者の皆様へ

保険薬局の事業承継・M&Aについて、

• 株式譲渡・事業譲渡のどちらで遡及指定が関係するか

• 薬局開設許可と保険薬局指定の工程が整合しているか

• 類型2・3のどちらを候補とすべきか

• 管理薬剤師・全職員・薬剤師の引継ぎをどう整理するか

• 施設基準・旧薬局実績を収益計画へどう反映するか

• クロージング・融資実行前に何を確認すべきか

• 手続遅延時にも借入返済・資金繰りを維持できるか

といった判断が必要な案件は、MKマネジメントへご相談ください。

調剤薬局の制度、人員、M&A、店舗収支、資金繰りを横断し、管轄機関・関係専門家へ確認すべき論点と、金融機関向けの説明材料を整理します。

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主な参考資料

• 厚生労働省「保険医療機関等の遡及指定及び機能移転の取扱いについて」

• 厚生労働省「同通知の一部訂正について」2026年7月31日

• 関東信越厚生局「保険医療機関等の遡及指定及び機能移転の取扱い」

• 関東信越厚生局「保険医療機関・保険薬局の指定申請手続」

• 近畿厚生局「保険医療機関等の遡及指定及び機能移転の取扱い」

• 九州厚生局「保険医療機関等の遡及指定及び機能移転の取扱い」

• 四国厚生支局「指定期日の遡及の取扱い」

• 京都市「薬局変更届」

• 京都市「薬局開設許可申請」

免責事項

本記事は、2026年8月20日時点で公表されている一次資料に基づく一般的な情報提供を目的としています。

遡及指定、薬局開設許可、施設基準の届出・算定、雇用承継、個人情報、M&A契約、融資実行の可否を確定するものではありません。

通知は全国共通の判断枠組みを示していますが、提出期限、相談方法、追加資料等は管轄厚生局・事務所、薬局開設許可を所管する行政機関等によって異なる場合があります。

実際の案件では、管轄行政機関、弁護士、行政書士、税理士、社会保険労務士その他の関係専門家へ個別に確認してください。

記事中のケースは制度上の確認事項を示す架空例であり、特定の案件について遡及指定が認められることを示すものではありません。

更新履歴

• 2026年6月：初版公開

• 2026年7月31日：厚生労働省が通知の一部訂正を公表

• 2026年8月20日：通知の一部訂正を反映

執筆者：MKマネジメント代表　小坂 真義（中小企業診断士・薬剤師）